Juraj Jakubisko se narodil 30. dubna 1938 v obci Kojšov u Spišské Nové Vsi. V roce 1957 ukončil studia na Střední umělecko-průmyslové škole v Bratislavě, na pražské FAMU studoval v letech 1959-1966. Jeho debutem byl film Kristove roky (1967), následovaly filmy Zbehovia a pútnici (1968) a Vtáčkovia, siroty a blázni (1969).
Jakubisko se stejně jako mnoho jeho kolegů nevyhnul sankcím 70. let. Film Do videnia v pekle, priatelia, který začal točit v roce 1970 podle námětu Karola Sidona, se dočkal dokončení až o 20 let později. Jakubisko se v této době věnoval tvorbě dokumentárních filmů, k hranému filmu se mohl vrátit až v roce 1979 premiérou filmu Postav dom, zasaď strom. V dalším roce následovala komedie Nevera po slovensky a v roce 1983 adaptace románu Petera Jaroše Tisícročná včela (1983).
Poté se Jakubisko začal věnovat tvorbě pro děti. V roce 1985 natočil jednu z nejkrásnějších slovenských pohádek Perinbaba v hlavní roli s Giuliettou Masina. V roce 1987 následoval další film pro děti, Pehavý Max a strašidlá. Poetickou komedií Sedím na konári a je mi dobre uzavřel Jakubisko svou „předrevoluční“ tvorbu.
Z novější tvorby Juraje Jakubiska je třeba zmínit filmy Takmer ružový príbeh (1990), Lepšie je byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý (1992), Nejasná zpráva o konci světa (1997) nebo Bathory (2008), který byl vyhlášen nejúspěšnějším filmem desetiletí v České republice a nejúspěšnějším filmem všech dob na Slovensku. Jakubisko získal za Bathory řadu ocenění, např. CENA IGRIC – Slovensko (2009), Český lev (2009), Slnko v sieti (2010), Monaco International Film Festival (2010) nebo WorldFest-Houston International Film Festival (2011).
Juraj Jakubisko byl roce 2013 oceněn Cenou Matice slovenské, v roce 2017 se na návrh Umělecké rady Akademie múzických umění v Praze stal profesorem filmových, televizních a fotografických umění a nových médií se zaměřením režie.
Čest jeho památce.